Nota: a causa de la reestructuració del Govern de la Generalitat de Catalunya, aquest apartat està pendents d'actualització.

La Junta de Protecció dels Aiguamolls de l'Empordà és l'òrgan de gestió del Parc Natural dels Aiguamolls de l'Empordà, amb seu a Castelló d'Empúries.

Mitjançant el Decret 297/99, de 26 de novembre, es va atribuir la competència al Departament de Medi Ambient.
Mitjançant el Decret 200/2010, de 27 de desembre, de creació, denominació i determinació de l'àmbit de competència dels departaments de l'Administració de la Generalitat de Catalunya. (Correcció d'errades en el DOGC núm. 5795, pàg. 1774, de 13.1.2011), s'atribueix la competència en la gestió dels Parcs Naturals al Departament d'Agricultura, Ramaderia, Pesca, Alimentació i Medi Natural.

Composició: D'acord amb el Decret 125/1992, d'11 de maig, sobre remodelació dels òrgans rectors del Parc Natural dels Aiguamolls de l'Empordà, la composició de la Junta de Protecció és la següent:

Presidència: El Director General del Medi Natural i la Biodiversitat

Membres:

• Un representant del Departament de Governació.
• Un representant del Departament de Cultura.
• Un representant del Departament de Política Territorial i Obres Públiques.
• Tres representants del Departament d'Agricultura, Ramaderia i Pesca (ara Departament d'Agricultura, Ramaderia, Pesca, Alimentació i Medi Natural).
• Un representant del Departament de Comerç, Consum i Turisme.
• Un representant del Departament de Medi Ambient (ara Departament d'Agricultura, Ramaderia, Pesca, Alimentació i Medi Natural).
• Tres representants dels ajuntaments que tenen part del seu terme municipal inclòs al Parc Natural, designats pel Consell Comarcal de l'Alt Empordà.
• Dos representants de les entitats i organitzacions professionals agràries amb incidència a la zona.
• Un representant dels propietaris dels terrenys inclosos al Parc Natural.
• Dos representants de les associacions catalanes que, d'acord amb els seus estatuts, tinguin com a finalitat la protecció de la natura i estiguin vinculades a la zona.
• Un representant del Consell Universitari de Catalunya.
• Quatre tècnics designats a proposta de l'Institut d'Estudis Catalans, que s'hagin destacat en la defensa i l'estudi de la zona.
• El director del Parc Natural, que actuarà com a secretari de la Junta. 

Són funcions de la Junta de Protecció dels Aiguamolls de l'Empordà :
a) L'organització i la promoció dels equipaments i dels serveis necessaris per al compliment de les finalitats científiques, culturals i educatives.
b) La sensibilització de l'opinió pública envers els valors naturals i culturals de les zones protegides.
c) L'organització de la utilització social de l'espai amb finalitats de divulgació.

Són atribucions de la Junta:
a) Vetllar per l'assoliment de les finalitats de la llei i, a aquest efecte, proposar les normes d'organització i control relatives a l'ús dels béns naturals objecte de la protecció.
b) Proposar mesures per a la millora de les condicions de vida de la població permanent de la zona protegida i l'afavoriment de les activitats tradicionals que es desenvolupen al seu interior.
c) Informar sobre la proposta de programa de gestió del paratge natural, l'aprovació de la qual correspon al conseller d'Agricultura, Ramaderia i Pesca, la qual contindrà les mesures i les accions que s'han d'emprendre durant el seu període de vigència per tal de procedir a l'execució de les determinacions dels plans especials que preveu l'article 3.3 de la llei, i en general, per al compliment de les funcions esmentades a l'article anterior.
d) Informar preceptivament sobre els plans, les reglamentacions i les obres d'infraestructura que afectin l'àmbit territorial de la zona protegida. Així mateix, són objecte del control i de l'informe preceptiu de la Junta l'explotació de les aigües dolces de la zona o de les que hi tenen incidència i les activitats que es desenvolupen en el marc territorial dels sectors protegits.
e) Requerir, quan calgui, l'assessorament de la Comissió Científica.