Una de les principals novetats pel que fa a l’estructura és que la prova que s’implantarà el curs 2009-2010 constarà de dues fases: una fase general, que obligatòriament s’haurà de superar per accedir a la universitat, i una fase específica, de caràcter voluntari, que l’estudiant podrà realitzar per millorar la nota obtinguda en la fase general. 

En el model actual la prova d’accés s’estructura en cinc itineraris perfectament traçats en funció de la modalitat de batxillerat, mentre que el nou model suprimeix les vies d’accés a les PAU i posa a disposició de l’estudiant un ampli ventall de camins a escollir, alhora que l’obliga a dissenyar la millor estratègia per accedir als estudis desitjats.

Com es fixen aquests camins? A través de la tria de les matèries de modalitat cursades a segon de batxillerat, que ja no estaran encotillades dins d’una determinada via d’accés, sinó que es distribuiran en les cinc branques de coneixement en què s’agrupen els estudis universitaris: arts i humanitats, ciències socials i jurídiques, ciències, ciències de la salut  i enginyeria i arquitectura.

Cas pràctic del model actual
La Berta, una estudiant de batxillerat de la modalitat de ciències de la naturalesa i la salut que vol cursar estudis de medicina, accedeix a les PAU per la via d’accés de ciències de la salut. Com tots els estudiants que volen anar a la universitat, haurà d’examinar-se de 7 exercicis. A la primera part de la prova tindrà les quatre matèries comunes de segon de batxillerat: llengua catalana i literatura, llengua castellana i literatura, llengua estrangera i història o filosofia. A la segona part, haurà de realitzar de forma obligatòria els exàmens corresponents a les matèries de biologia i química. En l’últim exercici, podrà triar entre ciències de la terra i el medi ambient, dibuix tècnic, física i matemàtiques.

Matèries de modalitat (segons Reial Decret 1892/2008, de 14 de novembre)

• Arts i Humanitats: Anàlisi musical II, Anatomia aplicada, Arts escèniques, Cultura audiovisual, Dibuix artístic II, Dibuix tècnic II, Disseny, Geografia, Grec II, Història de la música i de la dansa, Història de l’Art, Llatí II, Llenguatge i pràctica musical, Literatura universal, Tècniques d’expressió gràfico-plàstica, Volum.
• Ciències Socials i Jurídiques: Economia de l’empresa, Geografia, Llatí II, Literatura universal, Matemàtiques aplicades a les Ciències Socials II.
• Ciències: Biologia, Ciències de la Terra i el Medi Ambient, Física, Matemàtiques II, Química.
• Ciències de la Salut: Biologia, Ciències de la Terra i el Medi Ambient, Física, Matemàtiques II, Química.
• Enginyeria i Arquitectura: Ciències de la Terra i el Medi Ambient, Dibuix tècnic II, Electrotècnia, Física, Matemàtiques II, Química, Tecnologia Industrial II.

Cas pràctic del nou model
En Pau, un estudiant que ha cursat la modalitat de batxillerat de ciències i tecnologia i té interès a fer medicina, haurà de fer obligatòriament, com tots els estudiants que volen accedir a la universitat, una prova integrada per 5 exercicis (fase general). Els quatre primers versaran sobre les matèries comunes de segon de batxillerat (les tres llengües i la història o la filosofia) i el cinquè serà sobre una matèria de modalitat que podrà escollir lliurement. Ara bé, per assegurar una bona nota d’admissió als estudis de medicina, en Pau tindrà la possibilitat d’examinar-se d’altres matèries de modalitat en la fase específica, que hauran d’estar associades a la branca de coneixement de ciències de la salut.